De geschiedenis van de Menkemaborg gaat terug tot de vroege 15e eeuw. Een gevelsteen in een muur van de Menkemaborg vermeldt dat het Menckemahues, een steenhuis, in 1400 verwoest wordt en daarna meermaals verbouwd en vergroot. Verschillende families zoals de Menckema’s en de Clant’s bewoonden de borg.

In 1682 werd de borg gekocht door Mello Alberda. Zijn zoon Unico Allard laat de borg rond 1705 ingrijpend verbouwen door de latere stadsbouwmeester van Groningen, Allert Meijer. Deze ontwierp ook de de tuin. In het huisarchief Alberda van Menkema, is een tuinplattegrond aanwezig uit begin 18e eeuw, die waarschijnlijk van de hand van Allert Meijer is.

In 1902 overlijdt de laatste bewoner van de Menkemaborg, Gerhard Alberda van Menkema en Dijksterhuis. In 1921 schenken zijn erfgenamen de borg aan stichting Museum voor Oudheden voor stad en provincie Groningen, nu het Groninger museum. De borg en de tuinen werden gerestaureerd en de tuin werd in 1923 opengesteld voor publiek, gevolgd door de Menkemaborg in 1927.

Het huidige Schathoes van de Menkemaborg, werd onder andere in gebruik genomen als knechtenverblijf (de Rijntjeskamer is genoemd naar de laatste huisbewaarder van de Borg, Rijntje Dijk) en als brouwerij (brouwen van bier, slachten en roken van vlees). Deze brouwerijzaal diende daarnaast ook als keuken voor de Menkemaborgbewoners en haar gasten. In de grote zaal stonden vroeger de koetsen, de arrenslee en er was ruimte voor de paarden die daarvoor werden gebruikt. De huidige theekamer was vroeger een verbinding naar de veel grotere vee schuur en ontleent haar naam aan het feit dat er bij de openstelling van de Menkemaborg voor publiek, in deze ruimte de bezoekers van de Menkemaborg konden genieten van een kopje thee of koffie.

Tegenwoordig is nagenoeg het hele Schathoes ingericht als café-restaurant. Bezoekers van de Menkemaborg kunnen hier nog steeds terecht voor het kopje koffie of thee en daarnaast wordt voor alle gasten ook lunch en diner aangeboden. Door de unieke locatie wordt het restaurant ook gebruikt voor bedrijfsarrangementen, als trouwlocatie, voor hightea’s, vergaderingen, feesten etc.